tarコマンドは、ドットファイルを無視します。
こんな感じで.testrcファイルは無視されます。
$ ls -a test
. .. .testrc test
$ tar cfz test.tar.gz test/*
$ tar tfz test.tar.gz
test/test
$
バックアップ用途の場合、ドットファイルだけがバックアップされていないのは致命的です。
ドットファイルを含めてtarファイルにアーカイブするには明示的にファイルを指定する必要があります。
空のディレクトリは、無視されてしまいますが、以下のようにするとドットファイルを含めてtarできます。
$ ls -a test
. .. .testrc test
$ tar cfz test2.tar.gz `find test -type f`
$ tar tfz test2.tar.gz
test/.testrc
test/test
$
tarのオプションでドットファイルを含めるようにできないかな...