docker cp でコンテナからファイルを取り出す場合、パスやファイルパーミッション、オーナによって失敗することがあります。
取り出す場合は、下記のようなdocker exec と tar を使ったほうがいいかもしれません。
対象を下記のコマンドで確認します。
TARGET_DIR=<ファイルのあるディレクトリ> CONTAINER_NAME=<対象のコンテナ> docker exec -w $TARGET_DIR $CONTAINER_NAME tar cf - * > target_files.tar
