インストール後にapt-get autoremoveを実行しているようです。
autoremoveは、依存関係から不要と判断されたパッケージを自動的に削除してくれる便利な機能ですが、明示的にインストールしていないパッケージは、削除対象としてしまうようです。
最初にアップグレードした時には、zabbix-server-mysqlとmysql-server-5.5が削除対象となっていました。（redmineパッケージで致命的なエラーになった原因もMySQLが削除されてしまったからかもしれません。あとで気が付きましたがopen-jdkも削除されていました。）
インストール済みのzabbix-server-mysqlを明示的にインストールするとautoremoveで削除対象とならずに、無事アップグレードすることができました。
Ubuntu 11.10から12.04にアップグレード（その２）
移転しました。
自動的にリダイレクトします。
